Der Vollzug der Freiheitsstrafe der Justizvollzugsanstalt Gießen untergliedert sich im geschlossenen Vollzug nach den baulichen Gegebenheiten in zwei Bereiche, die einer gemeinsamen Vollzugsabteilung zugeordnet sind (Bereich A =A-Flügel mit 57 Haftplätzen und Bereich B=B-Flügel mit 74 Haftplätzen).
Die Abteilung des offenen Vollzuges kann bis zu 74 männliche erwachsene Strafgefangene und 13 männliche Jugendgefangene aufnehmen. Die Jugendgefangenen werden von den erwachsenen Gefangenen getrennt untergebracht.
Die Untersuchungshaft der JVA Gießen ist zuständig für männliche erwachsene Gefangene aus den Amtsgerichtsbezirken Alsfeld, Büdingen, Friedberg, Gießen, Biedenkopf, Frankenberg (Eder), Kirchhain, Marburg und Schwalmstadt.